九州新幹線乗り入れと同時に旧駅ビルの約7倍の延べ床面積を持つ、全面ガラス張りの新駅ビル（地下3階、地上10階）が完成する予定である。駅ビルの核テナント誘致に際して博多井筒屋、高島屋、阪急百貨店、丸井などのデパートが出店に名乗りを挙げたが、最終的にはJR九州との関係や条件が合致する阪急百貨店が入居することが確定し、これが同百貨店にとっては九州初進出になる予定である。また東急ハンズのテナント出店も同社とJR九州との間で基本合意に至っており、阪急百貨店と同じく九州初進出となる模様である。

しかし新駅ビルテナントの選定をめぐっては、旧駅ビルに1966年（昭和41年）から入店していた博多井筒屋が難色を示し、「新駅ビルへの優先入居」を主張。井筒屋側とJR九州側は、福岡簡易裁判所で調停を行うものの、調停は難航した。

調停の長期化や入居を求めての訴訟への発展、駅ビルからの退店拒否も危惧され始め、調停決裂が現実味に出てき始めた。

そのようなことになれば新駅ビル建設スケジュールに大きく影響する恐れがあった。結局2006年9月15日に、JR九州側が井筒屋側に保証金約45億円を支払うことで博多井筒屋は2007年3月31日までに旧駅ビルから一時退店することに合意した。

博多井筒屋はこの合意に基づき2007年3月31日で閉店したが、井筒屋側は「新駅ビルへの入居を断念した訳ではなく、引き続きJR九州側に対して新駅ビルへの入居を求めていく」と述べている。

なお博多駅は福岡空港までの直線距離が約2.7kmであり、航空法に定められている水平表面下に入っているため、建物の高さは約50mに制限されている。このため駅の高層ビル化は不可能である。

新ビルは、開発面積約2万2000平方メートル、鉄骨鉄筋コンクリート造り（一部鉄骨造り）、延べ床面積約20万平方メートル（旧駅ビルの約6倍）。幅約240mで、南側の一部が在来線ホーム上にL字形に約60mせり出す。「お客さまに見えるエコ」をコンセプトとして、断熱複層ガラスや太陽光発電、屋上緑化、ミスト冷却などを採用することになっている<ref name = "kotsushimbun20090128" />。

核テナントである阪急百貨店はホーム上にせり出す部分を含むビル南側地下1階から地上8階に入り、売り場面積約4万平方メートル。9、10階の一部に入居するシネマコンプレックスは、東映系のティ・ジョイに決定しており、12スクリーン・約2000席を備える予定。ビル北側1 - 5階のメガストア（5000平方メートル）は、東急ハンズが入居する。9 - 10階の一部はガラス張りの展望レストラン。また、吹き抜けや屋上庭園も設けられる。

ビル周辺の回遊性を高めるために、1階には筑紫口（山陽新幹線側）と博多口の駅前広場を結ぶ既存のコンコース南側に連絡通路を新設、2階部分には福岡交通センターなど隣接するビルに通じる空中回廊（ペデストリアンデッキ）を設ける。駅コンコースも改装して、3階までの吹き抜けが設置され、有田焼を使った森をイメージした壁画が描かれることになっている。

新たに設ける駐車スペースは、ビルと博多口駅前広場の地下2・3階に計約200台、九州新幹線ホーム上に約150台。また、筑紫口のJR九州旧本社ビル跡地には立体駐車場（約380台収容）がはいる「JR九州筑紫口ビル」（愛称：EX-SIDE HAKATA〈エキサイド博多〉）が2007年4月にオープンした。

博多口駅前広場は北側にタクシープール、バス乗り場などが集約。南側にはイベントをおこなったり、市民の憩いの場となるスペースを設ける。

ビル本体建設工事は2006年3月駅南側の旧駅事務室跡から着工。旧駅ビル部分は井筒屋が2007年3月で営業終了、解体後、2008年1月頃躯体工事に入った。工事の難関は駅南側の線路の上下にせり出す部分で、地下空間を生み出すため線路下の盛土を掘削すると同時に線路上下に躯体を建設する。工事手順は、各線路沿いに6m間隔で盛土に仮杭を打込み、仮杭間に工事桁を通して線路を仮受けして、盛土を掘削する。あわせて躯体建設も進め、ある程度組み上がった時点で仮杭と工事桁を撤去し、躯体で線路とホームを支える。掘削は、幅100m、奥行約70mの広さを4層（地上1階 - 地下3階部分）にわたり1フロア分ずつ4段階で実施する。掘出す盛土の量は20万立方メートル（10tダンプカー約2万5000台分）と見られる。

駅南側は仮杭と工事桁の取付けを終え、2007年3月現在、盛土掘削、躯体構築工事中である。地下駐車場などを設ける駅前広場南側では躯体工事とあわせて地下1階部の屋根になる上床版の設置中である。2008年12月時点では、7階部分まで工事が進行し工事全体の進捗率は30 パーセントとなっている。ビル南側躯体工事は2009年秋竣工予定。

旧駅ビルの地下には地下鉄が通っており、駅ビルを解体すると地下水の圧力により地下鉄が浮き上がるという問題があり、事前にグランドアンカーとコンクリート注入を行って固定する工事を行っている<ref name = "kotsushimbun20090128" />。