博多駅はこれまでに3回の移転を行っている。初代の博多駅は、九州で最初の鉄道である博多 - 千歳川仮停車場（久留米駅の北側、筑後川の北岸）間の開通に合わせて1889年（明治22年）12月11日に後の出来町公園付近に開業した。しかしまもなく、博多駅より東側の開業に合わせて、1890年（明治23年）9月28日に地下鉄祇園駅付近に移転した。このときは九州鉄道（初代）の駅であった。

しかし、まもなく新しい駅舎を建設して再度移転することになった。1906年（明治39年）1月に新駅舎に着工したが、1907年（明治40年）7月1日に九州鉄道が国有化されて、駅の工事は国鉄に引き継がれた。その後、1909年（明治42年）3月3日に新駅舎が完成した。新駅舎は煉瓦造りの2階建てで、ルネサンス式の建物であった。総面積3,160 平方メートルで、トイレにも大理石を用いるなど豪華な建物となっていた。

この駅もすぐに手狭となり、1939年（昭和14年）には早くも移転拡張の計画が持ち上がっている。1942年（昭和17年）1月には実際に都市計画決定が申請され、1943年（昭和18年）4月には認可も受けたが、戦争の激化により11月に中止された。1945年（昭和20年）6月20日には空襲で被災している。

戦後、再度移転拡張が計画され1958年（昭和33年）12月に高架式の旅客駅とすることが決定され、1960年（昭和35年）7月に着工された。博多駅で取り扱われていた貨物は1961年（昭和36年）12月に吉塚駅へ移転された。この間、1961年（昭和36年）6月1日に門司港から久留米までの交流電化が完成しており、移転直前の博多駅も電化されている。1963年（昭和38年）12月1日に現在使用されている駅舎が開業した。移転前の旧駅舎は貴重な文化財であるとの観点から保存も検討されていたが予算の都合がつかず、新駅舎への移転後すぐに福岡市の都市計画に基づいて旧駅舎の地点を貫く道路が建設されて取り壊されている。