島式ホーム1面2線の地下駅である。東比恵方に引上線があり、定期列車では終電のみに使用する。シンボルマークは博多献上模様の生地。

プラットホームは地下3階にある。コンコースは地下1階に博多口側の「博多口」と筑紫口側の「筑紫口」が、駅ビル直下の地下2階に「中央口」があり3箇所に分かれている。それぞれを直接繋ぐ通路は存在しない（JR博多駅の自由通路及び地下鉄駅プラットホームを除く）。また、地上への出入口の番号は博多口が1 - 4番、中央口が5 - 7番、筑紫口が11 - 17番となっているが、16番は欠番となっている。なお、3番出入口は駅ビル新築工事に伴い2007年4月から閉鎖されている。

2007年3月、筑紫口コンコースの11番出口階段脇にあった宝くじ売り場とコインロッカーが改札口正面に移設され、跡地にはコンビニエンスストア（ファミリーマート）が設置された（4月開店）。

2007年2月には筑紫口の自動改札機が新型機に更新された（JR九州のものと色違いの同型機になっている）。

なお、1983年3月22日の開業当時は仮駅として現在の祇園駅方面連絡通路に設けた駅で営業していた。1985年3月3日に現在の駅が開業した。

九州新幹線開業に合わせて七隈線の博多駅乗り入れが計画されているが、現段階では正式に決定していない。

地下鉄車内での案内において、JR線の乗り換えは「新幹線、鹿児島本線」とアナウンスされ、福北ゆたか線はアナウンスされない。