500種を越える鳥類が観察されている。

四周を海に囲まれるため、水鳥の種類は豊富である。南北に長い弧状列島は、渡り鳥の中継地としても重要である。また、シベリアで繁殖する鳥の越冬地やさらに南に渡る鳥の渡りの中継地点として重要であり、東南アジア等で越冬した鳥が繁殖する地でもある。このように日本列島は渡り鳥が豊富に行き交う位置にある。近年日本国内の渡り鳥の中継拠点となる干潟の乱開発による減少や、日本で繁殖する鳥の越冬地である東南アジアの森林環境の破壊が、日本で見られる鳥類の存続の脅威となっている。

日本の固有種はメグロなどがある。国鳥はキジ。日本のトキの個体群は絶滅。現在佐渡市で人工的に繁殖されているトキは、中国の個体群から借り入れたものである。

人家の近くには、カラス、スズメ、ハト、ツバメ、ハクセキレイなどが生息し、古来日本文化の中で親しまれてきた。