国土が南北に長く、また森林限界を越える高山帯や広い海洋、四季の変化によって、国土面積の広さに比べて、生息する動物と植物の種類は豊富である。

日本は四方が海で囲まれているため、外部から新しい生物が侵入してくる可能性が低い。それに加え、多くの離島があるため、その島独自の生態系が維持されてきた土地が多数ある。特に小笠原諸島や、南西諸島は古くから本土と比べ孤立した生態系を築いてきたため、その島固有の動植物が多数生息している。殊に、小笠原諸島においては「東洋のガラパゴス」と呼ばれるほど特殊な生態系を持つ。そのため、その島の名前がその動植物につけられたものも多数ある（例：小笠原諸島のオガサワラトンボ、オガサワラノスリ。南西諸島のうち、八重山列島の西表島に生息するイリオモテヤマネコなど）。

高度経済成長期以降の食卓の変化や海外の農産品の輸入問題などさまざまな要因により、近年農林水産業が大きく変化した。このため、田畑や人工林の放置、漁業資源の減少などの問題も発生している。