その他、厳密な意味での領土問題ではないがいくつかの問題がある。

沖ノ鳥島

日本と中華人民共和国（中国）の見解が対立している。日本は島であると認識している。一方中国は、日本の領有権は認めているものの、2004年（平成16年）ごろから国連海洋法条約121条3項に基づき島ではなく「岩礁」であると主張し、日本の排他的経済水域を認めない立場をとる。

日本海の呼称

日本を含む世界諸国と韓国・北朝鮮の見解が対立している。詳細は日本海呼称問題を参照。

与那国島の防空識別圏

与那国島の西2/3が、沖縄県のアメリカ占領期に東経123度線に沿って設置された防空識別圏（ADIZ、アディズ）を引き継いでいるため、台湾の管理下にある。現在、日本と台湾は関係が良好であるため情報のやりとりはスムーズに行われているが、台湾有事においては防衛上の重要な問題となる可能性が高い。2005年末から2006年にかけて台湾側が防空識別圏を与那国島から外して運用していた事も判明しているが、特に取り決めなどが交わされているわけでもなく、曖昧なままである。（→与那国空港を参照）