日本とアフリカ諸国は、地理的には遠く歴史的にもほとんど関わりがなかったこともあり、現在も人的交流などはさほど行われておらず、観光地としても一部を除いてそれほど人気があるわけではない。主に地下資源の輸入と工業製品の輸出という貿易のみの関係に終始していた。ただしアパルトヘイトで世界から孤立していた南アフリカ共和国には多くの企業が進出し、以前から比較的密接な関係を築いていた。

1993年（平成5年）には、ODAなど経済支援を含む經濟的人的交流を深める目的の国際会議、アフリカ開発会議（TICAD：Tokyo International Conference on African Development。日本、国連、GCA、世界銀行共催）が開始された。

近年は日本はアフリカ諸国に大使館を増やすなど関係強化に乗り出している。その背景として中華人民共和国（中国）がアフリカ諸国との関係強化を行っている情況がある。中国がアフリカ諸国との関係強化を進めていることは、資源確保や国連の票固めなどが目的であると指摘される。アフリカ諸国との関係強化に関して、人的交流が少ない日本は弱い立場に置かれている。中国は現地に住む多数の華僑などを活用して面的攻勢を進めている。

なお、サッカーなどスポーツの分野においては、アフリカ諸国を日本に招いた試合が行われており、良好な関係を築いている。