日本と南アメリカ（南米）は地理的に地球のほぼ正反対に位置しているが、にマリア・ルス号事件をきっかけにペルーとの修交が始まり、にロシアとの戦争に備えてアルゼンチンから軍艦リバダビアとモレノをそれぞれ春日、日進として購入し、それらが日露戦争で活躍したことから本格的な関係が始まることとなった。

また、かつて南米諸国は日本からの移民を大量に受け入れた経緯から、その関係は深い。特にブラジルでは、約180万人という海外で最大規模の日系人社会が築かれていることもあり、政治経済のみならず、文化的な面からも非常に深い関係を保っている。また、ブラジルはG4として日本と共に国連常任理事国を目指していることもあり、国際政治上で連携することも多い。

同じく多くの移民が渡り、ラテンアメリカで二番目に日系人人口の多いペルーは日系人大統領（アルベルト・フジモリ、スペイン語ではフヒモリとなる）が1990年代に就任したことで急速にその関係が緊密になったが、その後失脚し、後日フジモリは日本に政治亡命していた。

貿易関係ではチリとの関係が特に大きく、戦前から友好関係が続くアルゼンチン、パラグアイといった親日的な国家も多い。特にマルビーナス戦争（フォークランド紛争）中、アメリカ・イギリス・ECの再三の要請にも関わらずアルゼンチンへの禁輸措置を行わないなど、日本が採った独自外交は、アルゼンチンの知日家からは高く評価されている。