中央アメリカ（中米）諸国の中で、日本と最も関係が深いのはメキシコ合衆国である。明治の開国以降に結ばれた日墨修好通商条約は、それまで列強各国の不平等条約に苦しめられてきた日本にとって、初めての平等条約である。その関係で、数ある諸外国の大使館の中でも国政の中枢地区ともいえる永田町にあるのはメキシコ大使館のみである。日本企業が多数メキシコに進出しているなど経済的な関係も深い。

その他の中米諸国とはそれほど人的・文化的交流はないものの、経済的な関係を中心に平穏な関係を持っている。また、キューバなどの社会主義国家とも経済・文化両面で友好的な関係が築かれており、ペルー日本大使公邸占拠事件でも協力した（日本政府の要請に対し、キューバがゲリラの亡命受け入れを受諾）。