中央アジア諸国は、かつてシルクロード経由で日本に対しても文化的影響を持っていたが、近年の人的交流は少ない。また、経済基盤は貧弱な国が多く、さらに海に面していないために輸送コストなども高騰するなどの理由から、一部の希少な地下資源を除いて、貿易などの経済的関係も他地域と比べて活発とは言えない状況にある。

日本は、アメリカ合衆国が行ったアフガニスタンへの武力攻撃は支持したが、自衛隊はインド洋への派遣に留めている。

この地域に栄えた古代王朝や仏教遺跡の研究など、学術関係での交流は活発である。バーミヤン渓谷の文化的景観と古代遺跡群の修復などに、日本は多額の援助を行っている。