日本の歴史の時代区分は、考古学上のものと歴史学上のものがある。考古学上の時代区分は、旧石器時代（先土器時代）、縄文時代、弥生時代、古墳時代、歴史時代、とするのが一般的である。一方、歴史学上の時代区分としては、古代（飛鳥時代およびそれ以前・奈良時代・平安時代）、中世（鎌倉時代・室町時代・戦国時代）、近世（安土桃山時代・江戸時代）、近代（明治・大正・昭和およびそれ以降）の四分法が通説である。（→日本の歴史節）

日本列島の人類の歴史は、約10～3万年前に始まったとされる。当時の日本列島はアジア大陸と陸続きであり、西方の華北・北方のシベリアとの文化交流も見られた。約1万2千年前の前後に最終氷期が終わると、日本列島は大陸から分離した。

紀元前8世紀頃以降、大陸から稲作を中心とする文化様式が伝わると、各地に「ムラ」「クニ」と呼ばれる政治組織が徐々に形成され、1世紀・2世紀前後には各クニの連合による倭国と呼ばれる大規模な政治組織が出現した。この連合的政治組織は3世紀・4世紀頃に統一王権（ヤマト王権）へと発展する。7世紀後半には中国の法体系・社会制度を急速に摂取して8世紀初頭に律令国家となった。「日本」という国号の表記（当初は「やまと」と訓じられた）と天皇号は、この時期に成立したとされる。遣隋使以降、日本は、中国を中心とする冊封体制から独立し、中国との通交において対等な外交関係を結んだ。

成立当時の「日本」の支配地域は、日本列島全域に及ぶものではなく、九州南部以南および東北中部以北はまだ「日本」の領域外だった。九州南部は8世紀末に「日本」へ組み込まれたが（→隼人）、東北地方の抵抗は強く全域が「日本」の領域となったのは鎌倉時代に入ってからである（→蝦夷）。特に8・9世紀は、蝦夷征服活動が活発化するとともに、新羅遠征が計画されるなど、対外志向が強まったが、10世紀に入るとこうした動きは沈静化した。

11世紀後半から12世紀にかけて、律令国家体制が大きく変質し、社会各階層への分権化が進んだ中世国家へと移行した（→荘園公領制・職の体系）。13世紀後半の元寇（蒙古襲来）は、「日本は神国」観念を定着させた。

14世紀 - 15世紀の時期には、社会の中世的分権化が一層進展していったが、15世紀後半頃から戦国大名勢力による地域国家の形成が急速に進んでいった。この地域国家形成の動きは、中世社会の再統合へとつながり、時代は近世へと移行。17世紀には江戸幕府による鎖国体制が成立した。16世紀末に蠣崎氏が北海道南部に本拠を置き、北海道・千島・樺太を含む蝦夷地の支配権を得た。17世紀初めに薩摩島津氏が琉球王国を侵攻し、支配下におさめたが、その後も琉球王国は日本・中国への両属を続けた。

19世紀半ばに入り、欧米列強との接触が飛躍的に増えると、江戸幕府の権威は失墜し、大政奉還が成立。明治維新によって明治天皇が統帥権を有する大日本帝国が成立した。明治政府は近隣国と国境確定を行い、に樺太を放棄する代わりに占守島以南の千島列島全域を日本領とし（→樺太・千島交換条約）、南西諸島方面は琉球処分を通じて日本の一部となった。

大日本帝国は自由民権運動を経てに、内閣制度を確立。に大日本帝国憲法を制定。に第1回衆議院議員総選挙を実施して帝国議会を設置した。大正時代には大正デモクラシーが起こり、政党政治と普通選挙が実現した。

対外的には、19世紀後半 - 20世紀初頭当時の帝国主義的な国際情勢の中で、東アジアに一定の勢力圏を築く必要に迫られた日本は、日清戦争や日露戦争を経て勢力圏の確保を進めた。両戦争を通じて日本は、台湾・澎湖諸島および南樺太を領土におさめ、関東州租借権を獲得した。に韓国併合が行われた。に国際連盟からの委任を受けて南洋群島を統治することとなった。1930年代には中国東北部への侵攻を強め、満州国を建国して一定の支配権を得るにいたり、国内では軍部が台頭した。こうした対外志向は、特にアメリカ合衆国をはじめとする欧米諸国との権益と真っ向から衝突し、最終的にはの大東亜戦争での敗北によって破局に至った。

敗北した日本は、連合国軍の体制下に置かれ、日清戦争以降に獲得した領有権・統治権を失った。連合国占領下において国制改革が進められ、憲法改正を行い、日本国憲法を制定した。のサンフランシスコ講和条約により占領が解除されると、その後の日本は1970年代半ばまでに目覚しい経済発展を遂げた（→高度経済成長）。からには奄美諸島、には小笠原諸島、には沖縄県の施政権が、アメリカ合衆国から返還された（→沖縄返還、本土復帰）。

1970年代後半以降の日本は、先進国の一員として数々の国際的役割を果たし、多くの発展途上国で成長モデルとして目標にされている。21世紀に至り、日本は社会の超高齢化とそれに伴う人口減少、経済の世界規模化への対応、世界金融危機や地球温暖化などの非常に多くの課題に直面している。