2006年7月2日、大統領選挙が実施され、当日投開票された。初の中道左派政権が誕生するかに注目が集まった。大統領選挙には5人が立候補したが、前政権党の制度的革命党 (PRI) の候補への支持の低さにより、事実上、民主革命党 (PRD) と国民行動党 (PAN) の一騎打ちになった。選挙戦は事実上、与党の右派・国民行動党 (PAN) のフェリペ・カルデロン (43) と中道左派・民主革命党 (PRD) のアンドレス・マヌエル・ロペス・オブラドール (52) の一騎打ち。

カルデロン候補は、社会格差を広げる新自由主義政策を進めてきた現政府の継承による経済安定を強調。

オブラドール候補は、新自由主義からの転換と貧困層に光を当てる社会・経済の格差是正を訴えてきた。

• 同時に、上下両院選挙とメキシコ市長選挙なども実施された。

• 16日、中道左派・民主革命党 (PRD) のオブラドール候補が呼びかけ、大統領選挙の全投票数の数え直しを求める集会が、メキシコ市の憲法広場で開かれ、全国から80万人以上が参加した。
• 30日、メキシコ市で、中道左派・民主革命党 (PRD) の大統領候補オブラドール前メキシコ市長の支持者約120万人が、開票作業に不正があったと主張、集計のやり直しを要求し、抗議集会を開いた。
• 8月5日、連邦選挙裁判所は、7月に行われた大統領選挙の全投票数の数え直しを求める中道左派・民主革命党 (PRD) のロペス・オブラードルの異議申し立てを退け、全体の約9%に当たる11,839の投票所についてだけ開票をやり直すよう決定した。7人の判事全員の一致で決まった。