2008年頃から、自衛官の自殺が政治問題化している。<ref>「自衛官の自殺　後絶たず　他省庁公務員の二倍　防衛省、ケアに苦慮」日経新聞2008年4月16日付夕刊</ref>

自衛官の自殺のうち特別の事情として「いじめ」の問題がある。 遺族が初めて国家賠償請求を起こした、1999年（平成11年）11月に当時21歳の三等海曹の自殺（護衛艦「さわぎり」事件）についての原因も、上司の二等海曹による「ゲジ（スペードの2、役立たずの意味）」と呼ぶ、「海の上ではだれかいなくなってもわからない」その他の暴言の連続があったと遺族は裁判内で主張している（裁判では、事実は認定されたが、一審ではその意義について自衛官教育での範囲内とされた）。この事件を契機に自衛隊内でのメンタル・ヘルスが研究されるようになったとされるが、自殺者は自衛隊全体で事件後も減っていないうえ、2004年10月に護衛艦「たちかぜ」の当時21歳の一等海士が、いじめを告発する遺書を残して飛び込み自殺をし、事件をきっかけに、恐喝と暴行など「たちかぜ」艦内での刑事犯に発展した隊員への「いじめ」が発覚するなど「いじめ」と自殺の因果関係がクローズアップされる。1。いじめに関しては、（防衛省として現在統計資料の有る）2003（平成15）年度から2006（平成18）年度までに『私的制裁』として92人、『傷害又は暴行脅迫』として291人の者に対して懲戒処分を行っている。

また特筆されるのが、イラク派遣の自衛官の帰還後の自殺で、イラクに派遣された5500人のうち、陸上自衛隊で6人、海上自衛隊で8人、航空自衛隊で1人の計15人（防衛庁広報課07年1月現在）が、自殺していることである。海自では期間が長い外は特別に戦闘のストレスはないと考えられるが、陸上自衛隊では米兵から銃撃されたり、ゲリラからの襲撃を警戒し続けたりで、自殺した陸上自衛隊の一人に関しては「『米兵には近づくな、殺される』と騒いでいた」と関係者は証言しており、派遣と直接関係があったようである。この数字は自衛官の自殺率の3倍であり、なんらかの関連が疑われる。なお、「西部方面普通科連隊（有事即応の対テロ特殊部隊）」では2002年に発足して4カ月の内に660人の隊員の内3人の自殺者がでるなどしている。

その他、問題となる自殺に、陸上自衛隊の駐屯地内での武器の使用による自殺がある。これは、小銃（ライフル）を連射モードに切り替え、数発（1‐9発程度）を命中させて自殺する者が、実包を装填した銃器を携行して歩哨警備を行う火薬庫の警備時に多発している。2004年（平成16年）度以降、2008年8月まで5件の弾薬庫警備任務中の隊員による小銃を使用した自殺、自殺未遂事件が起きている。

なお、2004年から2006年度は3年連続で、25万人の陸海空自衛官の内自殺と断定された自衛官の数は、毎年100人程度に達している（防衛省調）。2006年度に死亡した隊員は陸海空あわせて224人（陸自156人、海自35人、空自33人）。このうち自殺と認定された者は、97人（陸66人、海20人、空11人）で死亡理由の4割を超える。