民政移管後、ピノチェト将軍を始めとする、軍政期に人権侵害に携わった軍人の処遇などの複雑な問題を抱えながら新政権はスタートし、結局ピノチェトは陸軍最高司令官として留任することになった。

1990年に就任したエイルウィンの政策は基本的には軍政期からの新自由主義を継承するものであったが、市場原理主義の修正を図り、軍政期に拡大した所得格差や貧困問題解決への取り組みも進んだ。

1994年には再びキリスト教民主党からエドゥアルド・フレイが大統領に就任した。フレイ時代の1998年2月にピノチェト陸軍総司令官が退役したが、ピノチェトには終身上院議員の議席が確保された。しかし、同年10月、軍政期に在チリスペイン人へ人権侵害を行ったことを理由に、スペインの要請によりイギリスに滞在していたピノチェトは逮捕され、外交問題となった。

2000年にはコンセルタシオン・デモクラシア＝チリ社会党からアジェンデ以来二人目の大統領としてリカルド・ラゴスが大統領に就任し、チリ経済の成長が進んだ。1990年から2000年までのGDP成長率は平均約6.6%であり、軍政期（1973年から1990年）の平均の3.70%を上回った。<ref>岡本哲史「チリ経済の「奇跡」を再検証する 新自由主義改革の虚像と実像」『ラテン・アメリカは警告する 構造改革日本の未来』内橋克人、佐野誠（編） 新評論 2005年</ref>

2006年には再びコンセルタシオン・デモクラシア＝チリ社会党から、同国初の女性大統領、ミシェル・バチェレが就任した。

チリ最高裁判所は、2006年8月18日、公金横領容疑でピノチェト元大統領の免責特権剥奪を決定した。ピノチェトが家族や側近名義で米リッグス銀行など複数の銀行に合計125以上の口座を保有し、約2700万ドルの不正資金を隠匿していたとされる疑惑による。