発足時の部隊

• 欧州連合軍 ACE（Allied Command, Europe）
  • 北欧連合部隊
  • 中央連合部隊
  • 南欧連合部隊
  • 地中海潜水艦部隊
• 大西洋連合軍 ACLANT（Allied Command, Atlantic）
  • 大西洋打撃艦隊 アメリカ海軍の第2艦隊
  • 東大西洋管区
  • 西大西洋管区
  • 大西洋連合潜水艦部隊
• 海峡地区連合軍 ACCHAN（Allied Command, Channel）
• 地中海連合軍（Allied Command, Mediterranean）

現在（2009年）の機関・部隊

• 軍事委員会
• 国際参謀部
• 作戦連合軍（旧欧州連合軍 司令官はアメリカ欧州軍司令官が兼任）
  • 欧州連合軍最高司令部（ベルギー・モンス駐在 最上級作戦司令部）
  • ブルンスム統合軍司令部（オランダ・ブルンスム駐在 欧州北部を担当）
    • ノースウッド海上部隊司令部（イギリス・ノースウッド司令部内駐在 管区内の海上部隊を統括・指揮）
    • ラムシュタイン航空部隊司令部（ドイツ・ラムシュタイン空軍基地内駐在 管区内の航空部隊を統括・指揮）
    • ハイデルブルグ陸上部隊司令部（ドイツ・ハイデルブルグ駐在 管区内の地上部隊を統括・指揮）
  • ナポリ統合軍司令部（イタリア・ナポリ駐在 欧州南部を担当）
    • ナポリ海上部隊司令部（イタリア・ナポリ駐在 管区内の海上部隊を統括・指揮）
    • イズミル航空部隊司令部（トルコ・イズミル駐在 管区内の航空部隊を統括・指揮）
    • マドリッド陸上部隊司令部（スペイン・マドリッド駐在 管区内の地上部隊を統括・指揮）
    • NATOサラエボ司令部（安定化作戦のための臨時編成）
    • NATOティラナ司令部（安定化作戦のための臨時編成）
    • NATOスコピエ司令部（安定化作戦のための臨時編成）
  • リスボン統合司令部（ポルトガル・リスボン駐在 海上配備打撃戦力を担当 ブルンスム・ナポリの両司令部より小規模）
    • NATO即応部隊（NRF ブルンスム・ナポリ・リスボンの三司令部がローテーションで指揮を担当）
  • 即応部隊司令部（陸上部隊主体の即応部隊を統括）
    • 欧州連合軍即応部隊（ARRC）司令部（旧イギリス第一軍団 ドイツ駐留イギリス軍主体）
    • 欧州軍団（EUROCORPS）司令部（フランス・ストラスブール駐在）
    • イタリア即応部隊司令部（イタリア・ミラノ駐在 イタリア軍主体）
    • トルコ即応部隊司令部（トルコ・イスタンブル駐在 トルコ軍主体）
    • ドイツ＝オランダ軍団司令部（ドイツ・ミュンスター駐在）
    • スペイン即応部隊司令部司令部（スペイン・バレンシア駐在）
    • ギリシア即応部隊司令部（ギリシア駐在）
  • その他部隊
    • 即応部隊航空参謀部
    • NATO早期警戒部隊（AWACSの共同運用）
    • 海上即応部隊司令部
    • 欧州連合軍機動部隊（空中機動部隊）
    • 海上打撃・支援部隊
    • 常設大西洋艦隊（同盟国による持ち回り）
    • 常設地中海艦隊（同盟国による持ち回り）
    • 常設海峡艦隊（同盟国による持ち回り）
• 改革連合軍（旧大西洋連合軍 司令官はアメリカ統合戦力軍司令官が兼任）
• その他の組織
  • カナダ＝アメリカ地域計画作業部会
  • NATO早期警戒指揮管制部隊司令部（SHAPEと同居）
  • 統合運用計画参謀部（SHAPEと同居）