アメリカ同時多発テロ事件後の対テロ戦争（アフガン侵攻、イスラム武装勢力タリバンをアフガン政府から追放した作戦）には賛同しつつも、各国が自主的に参戦するに留め、新生アフガン軍の訓練にNATOの教官が参加することで協力した。しかし、2003年のイラク戦争にはフランス・ドイツが強硬に反対したために足並みは乱れ、米国に追従するポーランドなど東欧の新加盟国と、仏独など旧加盟国に内部分裂した。2005年にはアフガニスタンでの軍事行動に関する権限の一部が、イラク戦争で疲弊した米軍からNATOに移譲され、NATO軍は初の地上軍による作戦を行うに至った。2006年7月にはアフガンでの権限を全て委譲され、NATO以外を含める「多国籍軍」を率いることとなったが、同時期にタリバンがアフガン南部各地で蜂起し、NATOと戦闘となっている。アフガンのNATOは英軍4000名が最大であるように、加盟各国ともに拠出兵力に限界があり、戦闘は苦しいものとなっている。また、仏独はこの戦闘作戦には参加しておらず、加盟国の内部分裂とアフガンでの疲弊により、NATOは新たな国際戦略の練り直しが必要とされている。