日本のプロ野球ファンの中で最も数が多い巨人ファンから見ると、読売新聞を巨人軍の「親会社」と考える者は多くても、巨人軍を読売新聞の「グループ企業」と見る向きは少ない。そのため、巨人軍に「読売」色が全面に出るのを嫌う人達も少なくない。逆に読売新聞側の経営姿勢が新聞の売上に影響したこともある。

• 1980年、ファンから絶大な人気を得ていた長嶋茂雄が巨人軍監督を解任されると、ファンによる「読売新聞」不買運動が繰り広げられた。
• ON対決となった2000年の日本選手権シリーズ後、特に九州地方で部数減の傾向となった。以降西部本社・大阪本社管内においては、地元の系列民放テレビ局（福岡放送と読売テレビ）への配慮から、それぞれ福岡ソフトバンクホークス・阪神タイガースの記事も同等に取り扱うようにしている。
• 2004年、日本プロ野球選手会によるストライキが行われた際に、選手会を糾弾する報道を展開し、ファンの反発を招いた。
• 近年は各地のプロ野球本拠地球場（一部）で「読む声援 読売新聞」の広告看板を掲出するところがある。また、ニューヨーク・ヤンキースの旧ヤンキー・スタジアムにも広告看板を出稿していた。