高尾 - 中津川間には、非電化時代に断面の小さく作られたトンネルを路盤の掘り下げや改修せずに特殊な架線（π架線）を使用して電化した区間が多数存在するため、電車においては快速電車区間から直通する車両を含め、パンタグラフの取り付け部分または車両全体が低屋根化された車両や、パンタグラフを折りたたみ高さの小さい特殊なもの（PS23、PS24、シングルアーム）に交換するなどの対策がされた車両しか入線できない。このため車両製造会社の工場において落成した新車や私鉄などの転属車を回送する甲種輸送のルートからも中央本線は基本的に外される（例外的に新潟県中越地震の直後にE231系電車が通過した。ただ、設計上はこの区間の走行も可能である）。ただし、構造上もともと一般型より車高が低い電気機関車や特急形車両（屋根上にヘッドライトを持つ車両を除く）はその限りではない。

該当区間を通過する車両は、東線では201系（対応済編成に限る）・E233系・115系（PS16形パンタが搭載された一部の初期型（モハ114-0番台）は入線不可）・183・189系（2003年以降各種臨時列車のみ）・E351系（スーパーあずさ）・E257系（2003年以降のあずさ・かいじ）の各電車のほか、185系（はまかいじ）・215系（ビューやまなし）・255系の各電車（臨時かいじ）（いずれも臨時列車のみ）がある。また253系電車（成田エクスプレス用）・E231系電車も営業運行の実績はないが、設計上は通過可能である。名古屋方面からは381系、383系および211系電車低屋根構造車（5600番台等）、311系、313系の各電車などが乗り入れる。JR東海所属の車両は小限界トンネル寸法に準拠したシングルアーム式パンタグラフの開発によって1995年に登場した373系電車より通常規格の設計が可能となり、中央線以上に限界制約がある身延線用の車両を含めて従来行われていたパンタグラフ取付部の低屋根化が不要となった。