1960年代の中央線複々線化工事の際には高円寺・阿佐ヶ谷・西荻窪にホームを建設しない予定であったが、高円寺駅周辺の商店街や沿線住民を中心とした運動により土曜日を含む平日に限り停車することになった。その後、土曜日も通過するようなダイヤに変更する際も反対運動が行われた。緩行線が別線路で並行しており、これら3駅には快速を停車させる必要がないのではという意見がある。

また、杉並三駅周辺の住民の意見を尊重して高尾・青梅方面から都心に向かう遠距離通勤客を軽視していると旧国鉄に対して批判する者もいる。多摩地区の市議会議員には平日の通過を政策に掲げる者もいる<ref>http://urano.age.jp/kouyaku.html</ref>(http://urano.age.jp/kouyaku.html</ref>);。この問題を、特にインターネット上では杉並三駅問題と称している。

3駅停車問題については、輸送障害発生時の臨時停車等で三駅急行線ホーム利用が活用されている為、通過に特化させる発想のみでホームの廃止等は路線の機能低下が問題となる。朝ラッシュ時の三鷹始発緩行線の列車は、およそ半数が地下鉄東西線直通列車であり、東中野・大久保停車を考えると新宿方面への利便性に劣る。このような点から、通過論の意見のみ大きく取上げるのは現実的でないという意見も存在する。