平日夕方から夜間下りに特快に代わって運転されている。そのため、運行形態は中央特快・青梅特快のように三鷹・国分寺・立川などにおいて快速や各駅停車との接続を行う。特快の停車駅に加えて、荻窪と吉祥寺にも停車する。略称は「通快」。E233系のLED式行先表示器では紫色で、201系の字幕式行先表示器は赤色で種別名が表わされる。一部の通勤快速は豊田・高尾・相模湖・四方津のいずれかの駅で特急の通過待ちを行うことがある。大月行と河口湖行の電車はすべてが途中で特急に追い抜かれる。2007年3月18日のダイヤ改正より21時台の4本の特別快速が通勤快速に変更された。2009年6月現在、一番列車は東京駅を16時50分発と他の路線より1～2時間早く運転する。