民主進歩党全国代表大会は党の最高意思決定機関であり、年一回中央執行委員会を招集して、党の綱領や党章を改定し、中央執行委員会委員などを選挙、或いは罷免する。中央執行委員会は常設の執行機関で、党主席を含む35名の委員から構成され、中央執行委員会の委員を何人確保するかは党内各派の党争の焦点であり、中央執行委員の内14名は中央常務委員に兼任する。

党主席は党員の直接選挙で選任され、任期2年、一回のみ再任が可能。中央評議委員会は党の全国代表大会で選出された11名の委員から構成され、党務を監督する。党中央部の下に国際事務部（中国事務部は2007年8月1日付けで国際事務部に吸収合併）、組織普及部、文化宣伝部、社会発展部、扶助発展部、青年発展部、族群事務部の8個の部と、財務委員会、政策委員会の2個の委員会と、世論調査センターと“台湾民主学校”を設置している。民進党は海外支部や地方支部などの下部組織を設立している。党員数は484,889人。（2008年現在）