2008年5月20日に総統を退任。退任により憲法の規定にある総統の刑法不起訴特権がなくなったため、同日の10時より検察当局が陳水扁によるの私的流用疑惑の本格的な調査を開始すると発表した。陳水扁には海外渡航する場合は検察当局に知らせなければならないとする出国制限措置が取られた。

同年、不明の資金をスイスなどに送金し蓄財するという資金洗浄が台湾のマスコミによって新たに浮上した。8月14日、陳水扁はこの疑惑を認め、翌15日に妻とともに民進党を離党した。18日には、この資金洗浄疑惑が本格的に捜査されることになり、陳水扁の海外渡航が「制限」から「禁止」となった。

同年11月11日、上記の総統府機密費流用容疑と資金洗浄容疑などにより検察当局に身柄を拘束され、台北地方裁判所に移送された。移送の際、陳水扁は手錠を頭上に掲げ、拘束を馬英九政権による「政治的弾圧」だと訴えた。その後、連行時に暴行を受けたと陳が主張し、病院で診察を受けたため逮捕手続きが遅れたが、診察の結果問題ないと判断され翌12日に逮捕され、拘置所に身柄が移送された。陳は逮捕されたことに抗議しハンガー・ストライキを決行したが、16日、健康状態の悪化により病院に搬送された（その後も二度ハンストを決行している）。

同年12月12日、総統府機密費横領・資金洗浄などの罪で台湾の最高検察に起訴された。翌13日、亡命などをして公判出廷に問題を及ぼす危険性がないことを理由に台北地裁によって釈放が認められたが、30日に台北地裁がこの決定を取り消したため再び拘束され拘置所に身柄が移された。

公判は2009年1月19日より開始されている。なお、陳の拘留期限は同年5月24日に満了となる予定だったが、同年5月11日に台北地裁によって2ヶ月の拘留期限延長を決定された。