陳水扁は台湾独立の傾向が強い人物であるが、一期目の就任演説では「四つのノー、一つのない」の原則を打ち出し、任期中の台湾独立に繋がる国号変更などは行なわないことを明言していた。しかし、2006年春節の演説では国家統一綱領と国家統一委員会の廃止の可能性及び国際連合に「台湾」名義での加盟申請に言及した。これは前述の原則の「一つのない」に違反するものであるとして、野党泛藍連盟から強烈な批判を受けた。また、アメリカ国務省の1月30日のレポートも、陳水扁の春節発言に対し「一つの中国政策は変更されない」と現状維持の要望を表明した。2006年2月27日、陳水扁は国家統一委員会と国家統一綱領の運用停止を発表し、中華人民共和国からの強い反発を受けた。

2007年10月10日に久しく行われていなかった軍事パレードを開催し、独力で開発した最新兵器を披露して中国政府を牽制した。スピーチでは「中国と台湾はそれぞれ独立した国であり、これは否定しようのない事実である」と発言した。

経済問題では、陳水扁は台湾の安全保障の必要性を自称し、中国への経済依存度を低下させるため、政府は積極的に両岸交流を推進すべきでないという立場を採った。2001年1月1日より「小三通」と称し、廈門と金門島の間で客船が運航され中国との三通を限定的に実行し、その後さらなる両岸貿易促進が熱望されていたが、陳水扁政権内では実現しなかった。また、中国進出に代わる政策として「南向政策」を発表、台湾企業に対し東南アジア諸国への投資を要望した。2006年1月1日には中国との経済関係を「積極開放、有效管理（政府が積極的に開放することで効果的な管理をする）」から「積極管理、有效開放（政府が積極的に管理することで効果的な開放をする）」への転換を明言した。