2005年8月、高雄捷運における陳哲男のスキャンダルが表面化する。前総統府秘書長陳哲男が業者の招待を受けて海外旅行したというものであり、清廉さを謳った陳水扁政権にとって初めての打撃となった。立法委員の邱毅によるスキャンダル追究が続き、台湾メディアで長期に亘る焦点とされた。

続いて2006年5月25日、陳水扁の娘婿である趙建銘のスキャンダルが表面化する。台湾土地開発公司の不正取引に関する内容であり、台湾地院は証拠隠滅の恐れがあるとし身柄拘束の上、接見禁止を決定した。また呉淑珍夫人に対しても太平洋崇光百貨（そごう）の商品券及びインサイダー取引も浮上し陳水扁の政局運営に重大な被害を与えた。これを受けて5月31日に陳水扁は「三つの決定（自清、革新、権力移譲）」と「一つの決心（有言実行、初志貫徹）」を発表、職権を除き与党の運営や選挙活動から手を引くと宣言した。

さらに同年11月3日、呉淑珍夫人が検察当局から総統府機密費1480万台湾ドルを私的流用していたとして、汚職と文書偽造の罪で起訴された。起訴によって陳水扁の退陣を求める声が野党や中間層だけでなく与党民進党内部からも噴出した。民進党の友好政党だった台湾団結連盟も総統罷免案が提出された場合賛成する意向を表明し、陳水扁は窮地に追い込まれた。こうした中で陳水扁は11月5日に記者会見を開き、機密費の私的流用疑惑を否定した上で、裁判の一審で呉淑珍夫人に有罪判決が出た場合総統を辞任する意向を表明したが、与野党・世論の不信を払拭するまでには至らなかった。