2004年の総統選挙では、国民党と親民党が選挙協力を行い泛藍連盟を結成したことで当初優勢と考えられていたが、台湾住民の独立意識の高まり（李登輝主催の台湾独立デモに想定を超える100万人超の参加者が集まるなど）により泛緑連盟（民進党や台湾団結連盟など）の支持率も少しずつ上がっていき、泛藍陣営と支持率を並べるようになった。

そのような情勢の中で、投票前日の3月19日、陳水扁と副総統候補の呂秀蓮が台南で民衆の応援に応えながらパレードしている最中に銃撃を受けて負傷するという暗殺未遂事件（三一九槍撃事件）が発生した。この事件は選挙結果にも大きな影響を与えたとされ、結果として得票率0.228%の僅差で陳水扁が当選した。

僅差であったため泛藍連盟は強い反発を示し、総統候補の連戦が「銃撃事件は自作自演であり、選挙は無効」と訴え、支持者は連日抗議デモを行った。これに対し司法は数ヶ月に亘る審理を行い、2004年11月4日午後4時2分に連戦の訴えを退け、陳水扁の当選有効が確定した。

銃撃事件に関してはさまざまな調査が行われた。鑑定専門家の李昌鈺による調査では、陳水扁の銃創が拳銃によるものであるとの鑑定結果が提出され、残された弾丸より犯人捜査が行なわれた。その後被疑者として陳義雄が特定されたが、被疑者は既に死亡しており、真相は明らかにされなかった。また、2008年1月31日に中国の新華社は、銃撃事件の独立調査委員会「台湾3・19銃撃事件真相調査特別委員会」が、同事件は陳水扁政権による自作自演であったとする最終報告を発表したと報道している。報告では物的証拠である2発分の空薬莢がそれぞれ異なる銃器のものである事、当初自殺とされていた実行犯・陳義雄が他殺体であった事などを証拠として挙げている。