1994年、初めての台北市長直接選挙が実施されると陳水扁は謝長廷を破り民進党の公認候補として台北市長選に出馬した。国民党公認候補は現職の黄大洲であったが、当時国民党から一部勢力が分裂し新党を結成し、趙少康を公認に立てていたため、国民党票が二分されたこともあり、陳水扁は市長に当選した。

台湾の住民は首都の市長となった陳水扁の政治手腕と民衆に近い政治センスに高い評価を与え、高い支持率の下、陳水扁は台北捷運の建設や下水道を初めとする治水事業などを実施し、また既得権益に打撃を与える清廉さで支持率は76%を記録した。しかし1998年の台北市長選では2期目を目指す陳水扁に対し、国民党は民衆の支持率が高い馬英九を擁し、結果として陳水扁は僅かに馬英九に及ばず落選した。