感染症予防法によると新型インフルエンザは一類～五類に属さない「新型インフルエンザ等感染症」の一つとして取り扱われる。新型インフルエンザの発生が危惧され致死率が高くなると予想されるトリインフルエンザは、インフルエンザA属インフルエンザAウイルスであってその血清亜型がH5N1であるものに限る場合は二類感染症、血清亜型がH5N1以外の場合は四類感染症に分類される。ちなみに、新型インフルエンザとトリインフルエンザを除いたインフルエンザ全般は五類感染症に分類される。この意味に関しては感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律を参照。

特定病原体に関しては新型インフルエンザウイルスは「四種病原体等」である。ちなみにインフルエンザA属インフルエンザAウイルスであって血清亜型がH2N2・H5N1・H7N7も「四種病原体等」である。この意味に関しては病原体を参照。

学校保健安全法では、血清亜型がH5N1であるものに限っては第一種の感染症、その他の新型を含めたインフルエンザは第二種の感染症と分けられている。一方、「感染症予防法第6条第7項に規定する指定感染症は第一種の感染症とみなす。」と定められており、H5N1亜型に限らずすべての新型インフルエンザを第一種の感染症に相当するものとして対応することは、法律上可能となっている。この意味に関しては学校感染症を参照。