アメリカ軍の攻撃及び住民による自決以外に、日本軍による直接的な住民殺害があったとも言われる。具体的には久米島守備隊住民虐殺事件（22人）、名護市照屋忠英校長殺害<ref>『秘録・沖縄戦』</ref>などが挙げられ、スパイ容疑で殺害されたなどとしている。日本軍により殺害された住民数を1000人と推定する見解もある<ref>安仁屋政昭　『裁かれた沖縄戦』　1989年。</ref>。