偏差値重視の現行教育制度の改革が進められており、臨時教育審議会の提言で文部科学省はゆとり教育を掲げ授業時間数の削減、教育内容の減少を推進して総合学習の時間を設けた。教育改革として、総合制高校・単位制高校・国際高校・中高一貫高校を新設して、地理歴史科・生活科・学校設定教科の新設・世界史の必修化・家庭科の男子必修化・社会奉仕体験活動・飛び入学を導入した。学力低下を招いた事から、再び授業数を増やす方針に転換されて、その一環として全国学力・学習状況調査テストを平成19年度から実施した。

教員の資質向上のための教育改革として、教職大学院の創設と検討されたのは教員免許更新制である。これに伴って日本の教育問題として、経済格差、地域格差を背景とした能力格差の拡大が表面化している。この原因は公教育機能が低下しているためと言われ、公教育への不信感が増大している。それを補うため、東京都を中心に公立学校選択制の導入や公立学校以外の学習塾や私立学校へ進学希望者が増加している。

東京大学の学閥が没落した。財界大企業の社長数1位が慶應義塾大学に抜かれて・財界トップの大学から転落して、政界でも宮澤喜一首相以降、東京大学出身の総理大臣は長らく誕生せず、東大卒官僚の不祥事への批判も集まった。

夜間・通信制の高校・大学・大学院で社会人・高齢者を対象に生涯学習社会になり、情報化社会・知識社会の到来で子ども・青年期以外の全ての世代が教育対象になる。

いじめによる自殺が繰り返し報じられ、問題となる。不登校問題やフリースクールの試みが行われた。団塊ジュニア・ポスト団塊ジュニア世代については、学校を卒業しても社会に参加しないニート、引きこもりといった若者の存在が、メディアで盛んに報道され、問題視されるようになった。これは経済的には1990年代以来の不景気を背景にしているが、学校と実社会の間にギャップがあるという日本独特の問題が潜んでいるとされる。余りに学校社会に慣れた子供は、卒業しても社会に適応することが困難になると言われる。現在引きこもりは団塊ジュニア世代の人々が最も多く（後の世代では引きこもりは減少傾向）、引きこもりの長期化・高齢化が深刻になっている。

少子化の進展で平成17年（2005年）には大学全入時代を迎えて、ブランド大学以外の地方大学、私立大学は定員割れで経営危機に立たされている。親の収入・学歴の高低が子供の学歴の高低に直結する「格差の遺伝」とも言われる現象が広く知られるようになった。一方で、逆に高い学歴を持ちながら生活に苦しむ学歴難民と呼ばれる層も発生している。

1990年代後半（ポスト団塊ジュニアの高校生時代）から、学校に携帯電話が普及。平成生まれ世代に至ると小中学生まで携帯電話を使うようになった。彼らは携帯電話を使ってネットによる情報発信能力を身につけたにもかかわらず、情報リテラシーやマナー教育が追いつかなかったため、ネットいじめが社会問題になった。

またサカキバラ世代（昭和57年度生まれ）の犯罪やポスト団塊ジュニア特に松坂世代から、新成人の成人式の騒ぎで精神的未熟さが問題となった。

平成期は和田秀樹氏の学歴社会・受験競争・偏差値教育全盛期の新人類世代が受けた戦後教育を肯定して、高学力は子供の発達・将来にとってよいものだとする学力重視思想と、寺脇研氏の脱偏差値・脱学歴社会を目指し個性重視のためゆとり教育を実施すべしとする2つの教育思想対立がある。和田秀樹に対する批判としては、一流大学・高学歴者しか認めないので低学歴者の人間性否定と、経済的階層の固定化がすすむというものがある。寺脇研に対する批判としては、日本人の韓国人化した大学生政策で、日本人の科学技術・経済発展の知識を低下させて、格差社会のなかで世襲・高学歴・高収入の家庭以外の子供を勉強させず負け組にする格差固定政策であるから反対であるというものがある。

小渕内閣の教育改革国民会議・安倍内閣の教育再生会議が設置されて、学校教育法・地方教育行政の組織及び運営に関する法律・社会教育法の教育改革3法案が成立した。新保守主義による国旗国歌法などの愛国心を謳った教育が主張された。