2007年6月11日、金融庁は三菱東京UFJ銀行に対し、複数業務に跨がる行政処分を出した<ref>「投信窓販で改善命令・金融庁、三菱UFJに通知へ」日本経済新聞、2007年6月8日</ref>。銀行窓口での投資信託の販売で多数の不適切な処理が見つかったため。合わせて、不祥事が相次ぐ海外業務についても改善命令が下された。

投信の販売では、銀行利用者が購入を注文した商品とは別のものを誤って取り次いだにもかかわらず、財務局への過誤報告や顧客に対する損失補填などの定められた対応をしないケースが多数発覚した。複数の同行支店で、3年程度の間に約100件のこうした不適切処理が発生していた。日本銀行によるゼロ金利政策の長期化を背景に、投資信託による資産運用を求める利用者が増加しており、金融庁は消費者保護の観点から金融機関への監視を強めていた<ref>「三菱UFJに改善命令へ 投信窓販など不適切処理」東京新聞、2007年6月8日</ref>。金融庁が投信の窓販に拘る処分を発動するのは初めて。

旧UFJでは過去に同様の問題が発覚したため、厳しい社内規定に改めていたが、三菱UFJへの経営統合後に旧東京三菱の緩い規定に合わせられていた。内部管理体制の甘さと経営陣の意識の低さに加え、「顧客軽視も甚だしい」「他のメガバンクに比べ問題が突出して多い」と金融庁に指摘されている<ref>「三菱東京UFJに業務改善命令 不祥事「突出して多い」」朝日新聞、2007年6月11日</ref>。旧三菱銀行はバブル景気期にも、生命保険会社と組んで高齢者顧客に融資とセットで変動性商品の変額保険を売り込み、 その後多くの訴訟案件を抱えた経緯がある<ref>前田昌孝「一目均衡 隣の芝生は青くない」日本経済新聞、2007年6月12日</ref>。

海外業務では、資金洗浄対策過怠に加え、現地職員による横領・不正引き出しが数十件発生していたことを公表した。この処分により、発足後の1年半あまりで国内外から受けた処分は7分野に及ぶこととなる<ref>山本明彦「三菱東京UFJ: 行政処分7分野に…金融庁が改善命令へ」毎日新聞、2007年6月8日</ref>。