三菱東京UFJ銀行深圳支店は、2003年（当時はUFJ銀行深圳支店）、現地の大手医薬品メーカー三九集団が株式を上場する際、必要とする資金10億人民元（約140億円）を融資した。だが、当時の三九集団の業績や事業規模を踏まえると、あまりに多額の融資であった。これは実態を伴わない「不実融資」と認定され、中華人民共和国の金融当局は三菱東京UFJ銀行に対し28億円の罰金を支払うよう2006年2月に命じた<ref>「三菱東京UFJ銀行、中国で28億円の罰金」日本経済新聞、2006年7月8日</ref>。また、当時の同支店の資金量は4億元超で、同行に許可されていた業務範囲を逸脱した取引ともみなされた。

三菱UFJの中国内業務に関しては、2006年にも中国銀行業監督管理委員会による摘発を受けている。システム開発を担当していた上海支店の中国人行員は、プロジェクト受注に際して業者から5万9,000元の賄賂を受け取り、懲役1年を言い渡された<ref>川瀬憲司「中国の行員汚職、06年は4億円・三菱東京UFJ上海行員も」日本経済新聞、2007年1月30日</ref>。