以下はすべて、2006年の三菱東京UFJ銀行発足後の1年半ほどの間に明らかになった事案である。金融庁は、2007年6月11日の同行への処分に際し、「（三菱東京UFJ銀行は）他のメガバンクに比べ問題が突出して多い」と指摘している（後述）。