当初は2005年10月1日を合併日と発表していたが、みずほ銀行における失敗事例を教訓に、合併時のコンピュータ・システムの接続作業に万全を期するため、2006年1月1日に延期された。ただし、登記簿上は1月1日に商号変更し、1月4日に合併した。これは合併の効力が法務局に登記申請する日になるためである。

旧三和銀行の流れを引き継ぎ、大阪市・京都市・堺市の指定金融機関となっている（大阪市はみずほ銀行・三井住友銀行・りそな銀行との4行による輪番制）。また、旧東海銀行の流れを引き継ぎ、愛知県および名古屋市の指定金融機関となっている（旧東京三菱銀行はいずれの都道府県・政令指定都市の指定金融機関にもなっていなかったが、東京都の公営企業出納取扱金融機関（東京都交通局等）を旧第一勧業銀行・旧富士銀行とともに引き受けていたことから、現在もみずほ銀行とともに共同で引き受けている。ただし、みずほ銀行は東京都の指定金融機関でもある）。

外国為替専門銀行であった東京銀行時代の流れで、東京・大阪の各国際線主体の空港ターミナルビル内には成田空港支店、成田空港第2ビル出張所、大阪中央支店関西空港出張所<ref>母店名は旧東京銀行大阪支店→旧東京三菱銀行大阪淀屋橋営業部→旧三菱銀行側の大阪支店へ統合（但し店舗所在地は旧大阪淀屋橋営業部）→合併後に大阪中央支店となる。</ref>がそれぞれ設置されている<ref>かつて旧東京銀行時代後期まで、東京国際空港（羽田空港）の旧ターミナルビル内に羽田支店（旧三菱銀行から続く現在の羽田支店とは無関係）を、大阪国際空港ターミナルビル内には大阪空港支店がそれぞれ設置されていたこともあった。</ref>。また名古屋営業部中部国際空港出張所は、都銀として地元愛知県でも店舗網が強かった、旧UFJ銀行の流れで設置された出張所である<ref>名古屋営業部中部国際空港出張所は旧東海銀行及び旧UFJ銀行から続く、本店名古屋空港出張所（国際線ターミナルビル内にあった）が旧UFJ銀行時代に中部国際空港へ移転した出張所である。</ref>。

また東京銀行時代より発行されてきた割引金融債「ワリトー」、利付金融債「リットー」「ハイジャンプ（利子一括払型）」については、1996年の三菱銀行との合併以降も6年間は特例として発行を認められたが、旧東京三菱銀行時代の2002年3月後半債を最後に新規発行を打ち切り、現在は旧東京銀行店舗およびその承継店舗で償還などの取り扱いを行っているのみである。

なお、東京三菱銀行は公的資金の返還を早期に完了させるなど、旧4大メガバンクの中では財務の健全性が強い銀行であった。不良債権処理の遅れたUFJ銀行を統合した事により、公的資金注入行に再転落したが、2006年6月9日にはその返済も完了させている。これを受け、1998年から自粛していた政治献金も、銀行業界の先陣を切って再開する方向で調整に入っている（しかし不良債権処理を完了させてその間法人税を免除されたのに政治献金の再開は国民感情を逆撫でするという批判を受けて見送りとなる）。

2006年にFBIから、マネーロンダリングへの監視が不十分だとして、業務改善命令を受ける。三菱東京フィナンシャル・グループ時代の2004年にも、業務改善命令を受けている。

に一般顧客向けサービスが開始された。

2007年に金融庁から、旧三和銀行時代から財団法人飛鳥会への不正融資が行われていたとして、一部業務停止命令と業務改善命令を受ける。さらに、旧東京三菱銀行店舗における投資信託の販売における不適切な処理について業務改善命令が出された。

2009年の3メガバンクのうち、株価に対する耐性は三菱ＵＦＪがもっとも弱く、次いでみずほフィナンシャルグループ、三井住友フィナンシャルグループと続く。保有株式の銘柄次第では、他のメガバンクの収益も厳しい状況に追い込まれるとの指摘も出ている。

2009年2月2日三菱UFJフィナンシャル・グループ（FG）が2008年4～12月期連結決算で最終赤字に転落したことが分かった。これに伴い、2009年3月期の連結最終損益の予想も大幅に下方修正する方針を固めた。金融危機と景気後退が業績を直撃し、保有株の評価損と不良債権の処理損失が増大したことが響いた。 2009年3月期の通期でも最終赤字となるか、業績予想の精査を進めている。 2008年9月中間決算では、920億円の最終黒字を確保していたが、昨年10月以降、金融危機の深刻化を受けて株式相場が急落。その影響で、三菱UFJFGも2008年10～12月期に傘下の三菱東京UFJ銀行と三菱UFJ信託銀行で保有株の評価損の処理損失が計2880億円発生し、同年4～12月期の累計では4300億円超に膨らんだ。

2009年2月6日、三菱UFJの発表により、大手銀行6グループの08年4～12月期決算が出そろったが、三菱UFJは最終赤字が大幅減益と金融危機による業績悪化が鮮明となった。保有株の損失が少なかったりそなホールディングスが、最終損益では初の首位となった。三菱UFJは、株価急落により保有株の損失が4707億円と9月中間決算（1403億円）から大きく膨らんだ。景気悪化に伴う融資先の倒産増で不良債権の処理費用も2916億円と前年同期の1.5倍に上った。