2002年2月13日、国後島の「日本人とロシア人の友好の家」、いわゆるムネオハウスの建設をめぐる疑惑を発端として数々の疑惑が浮上。2月20日に参考人招致、3月11日に証人喚問を受けたが「記憶に無い」との答弁を多用。一切の疑惑に対して曖昧な釈明に終始したことより、社民党の辻元清美議員から「もう、ど忘れ禁止法を適用したい」「あなたはねぇ、疑惑のデパート言われてますけど疑惑の総合商社ですよ!」と批判を受けた（なお、辻元とは後年、年越し派遣村視察の際に偶然遭遇、その場で和解している）。6月19日、やまりん事件であっせん収賄容疑で逮捕、6月21日に衆議院で議員辞職勧告決議が可決された。7月20日に斡旋収賄罪で起訴。証人喚問において国後島緊急避難所兼宿泊施設工事受注において入札要件に該当する会社が渡辺建設工業だという認識は持っていないという証言が偽証として9月13日に議院証言法違反で起訴。政治資金規正法違反の罪でも起訴された。

2003年、衆議院選挙の直前に保釈（尚、2002年12月と2003年4月に保釈を申請しているが「罪証隠匿の恐れがある」として却下された）され、すぐに胃癌の手術を受けた。出馬を推す声もあったがそれを理由に辞退。2004年の参議院選挙に無所属で出馬するも落選（得票数48万5382票）。2004年11月5日東京地方裁判所での第1審で懲役2年、追徴金1,100万円の実刑判決が下された（鈴木は一連の事件を全て否定した上で「国策捜査」と批判し即日控訴）。2008年2月26日に東京高等裁判所においても、控訴棄却となり、即日最高裁判所に対し上告した。2009年3月現在、鈴木は衆議院議員だが、仮に禁錮以上の有罪が確定すると失職する（公職選挙法第11条、国会法第109条）。