陸海軍の統帥（憲法第10条）は国務大臣の輔弼の外に置かれ、統帥部が担当した（統帥権の独立）。統帥部は陸軍の参謀本部と海軍の軍令部が並立し、戦時に両者は形だけ統合して大本営が置かれた。統帥部は内閣を経ないで天皇に決定を求める帷幄上奏権という特権を有した。陸軍大臣と海軍大臣は、国務大臣であるとともに統帥機関としての地位も有し、やはり帷幄上奏権を行使したほか、帷幄上奏を通じて統帥に関する勅令の決定を求め、これに副署する権限を有した。この勅令は総理大臣の副署を要しなかったが、1907年の公式令制定によって全ての勅令に総理大臣の副署が必要になると、勅令とは別に「軍令」という法形式を新設し（明治40年軍令第1号）、陸海軍大臣のみが副署する権限を保った。

この統帥権の独立によって陸海軍に対するシビリアンコントロール（文民統制）が機能せず、その結果軍部の独走を助長し、国内の混乱及び諸外国との軍事的衝突をいたずらに広める結果になったとする意見もある<ref>中曽根康弘、石原慎太郎共著『永遠なれ日本』（PHP研究所 2001年）p.115</ref>。