2009年4月25日放送の「朝まで生テレビ」において、北朝鮮による日本人拉致問題の被害者である、横田めぐみ、有本恵子両名の安否を巡り、何の根拠も示さずに「外務省も生きていないことは分かっている」 などと明言した。これに対して、北朝鮮による拉致被害者の家族会と支援団体「救う会」から、同年5月11日に、テレビ番組で根拠のない発言をしたとして、テレビ朝日の君和田正夫社長と田原に抗議文書が送付された。田原はこれに対して、「家族のお気持ちは分かる。ただ、情報源は言えないが情報を得ている」とし、なんら根拠を示さないまま、あくまで両名が既に死亡しているとの見解を強硬に主張し続けた<ref>拉致被害者：家族会などが田原総一朗氏とテレ朝に抗議毎日jp 2009年5月11日</ref>。

5月19日、外相・中曽根弘文は、閣議後の記者会見において、一連の田原の発言に対して、「大変遺憾で非常に誤解を与える発言だ」「外務省は安否不明の拉致被害者はすべて生存しているとの立場、前提に立っている。田原氏の発言はまったくの誤りで残念に思う。一日も早い拉致被害者の帰国に努力している人たちに失礼な話だ」と発言している<ref>田原氏発言に外相が反論5月19日 産経新聞</ref>。発言から一ヶ月近く経過した5月19日、田原はようやく「人の生死に関する問題を、具体的な情報源を示すことなく発言したことは深く反省している。横田さんたちが生きていることを心から望んでいる。言葉が足りず、大変申し訳ない」と謝罪を行った<ref>拉致家族に「申し訳ない」　田原氏の発言でテレビ朝日 朝日新聞 2009年5月19日</ref>。結局、自らが得ていると明言していた情報も、情報源も一切公表しようとはしなかった。