1995年1月17日、阪神・淡路大震災（兵庫県南部地震）が発生。当時、神戸新聞本社があった新聞会館も被災し、ビルの全壊という被害が発生した。この当時、神戸新聞・デイリースポーツの新聞印刷機能については神戸市西区の西神ニュータウンに建設された「神戸新聞製作センター」に移動していたが、編集部門など新聞発行の心臓部ともいえる機能が被害の犠牲となる。この為新聞の発行が難しくなるのではないかという不安が募った。

しかし1994年に京都新聞との「緊急事態発生時における新聞発行援助協定」を結んでいたことから、この日に発行の夕刊から通常よりも頁数が大幅に削減されたものの無休で新聞の発行を続けて震災発生当時の神戸の惨状を的確に伝えた。

その当時、神戸新聞社はラジオ関西と合同で神戸ハーバーランドに自社新社屋ビル「神戸情報文化ビル・エコールマリン」が建設中で、1996年8月に完成するまで暫定の社屋を同ビルに近い「ダイヤニッセイビル」の空きフロアを活用することとなり（ただし、登記上での本社所在地は同期間中、西区室谷の製作センターに移していた）、他にも、神戸市の都心部に第二本社を設置して、速いペースでほぼ通常と同じ30頁前後の紙面発行まで復旧することができた。

また、デイリースポーツも日本経済新聞や販売提携先の地方新聞社との連携で無休発行をするが、カラー印刷が出来なかったり、頁数の削減などで通常の発行に復旧するまでに2箇月以上を要した。

それから12年が経過した2007年9月22日に今度は神戸新聞の情報技術局の編集システム（神戸新聞社とNECが共同開発）がトラブルを起こしたため、同日発行の夕刊と23日付の朝刊も同様にページ数を減らし京都新聞の協力を経て新聞を通常通り発行した。神戸新聞はウェブで「一部の連載記事・特集（経済面、教育面など）を休載し、また地域版も通常の各ブロックごとの紙面編成ではなく統合面としました。また一部の記事は京都新聞の記事を転用したものがあります。また22日夕刊の配達が大幅に遅れたことで読者にご迷惑をかけたことをお詫びし、システムの復旧に全力を尽くしていきます」という謝罪を掲載した。ちなみに、翌23日は同新聞の名を冠した競馬の神戸新聞杯が予定通り行われた。

===不祥事等===

• 2006年11月26日、パチンコ店において携帯電話のカメラ機能で女性店員のスカート内部を撮影したとして、神戸新聞社編集局の写真部記者が兵庫県迷惑防止条例違反で現行犯逮捕された。なお、容疑者は容疑を否認している<ref name="J-Cast 2006年11月27日付"></ref>。