球場初の日本シリーズ（当時は日本ワールドシリーズ）はタイガースの試合ではなく、1950年11月25日の松竹ロビンス - 毎日オリオンズの第3戦である。この年はフランチャイズがまだ正式に制度化されておらず、シリーズは1試合ごとに会場を代えて行われた。

1953年10月12日にも日本ワールドシリーズ・南海 - 巨人の第6試合が開かれたが、有料入場者は6,346人でシリーズワースト記録となった。これは当時の規定に「第1・第3・第5・第7試合と第2・第4・第6試合の使用球場は毎年両リーグが交互にこれを指定する。ただし、第1・第2試合と第3・第4試合と第5・第6試合の使用球場はそれぞれ連続して同一地域にある球場を指定する」とあったためで、この年の偶数試合の球場指定権はセ・リーグ、つまり巨人側にあり「大阪よりも収容能力の大きい甲子園ならばガッポリ儲かる」との思惑を持っていたが、それが見事なまでに外れてしまった。

1973年10月22日の阪神 - 巨人戦、勝ったチームがセ・リーグ年度優勝を決める試合で、巨人が9-0で勝ち、日本プロ野球記録の9年連続リーグ優勝を決めた。ところが試合終了後、余りに不甲斐ない試合に激怒した阪神ファンがグラウンド内に乱入したため、巨人は胴上げを宿舎で行った。これが後に各地の球場のフェンスが高くなった一因とも言われている。

阪神による日本シリーズの開催は1962年、1964年、1985年、2003年、2005年の5度となっている。