2005年11月に基本構想として正式発表された。改修に関する主な構想は下記の通り（詳細は外部リンクを参照）。

• 2007年10月着工、2010年3月竣工。シーズンオフを中心に3期にわけて工事を行い、プロ野球・高校野球はともに開催予定とする。
• 天然芝と黒土、オープンエアー（グラウンドに屋根をかけない）の形態維持。
• 甲子園のシンボルとされている蔦を改修工事前に一旦伐採（2006年度と2007年度のシーズンオフ2年間に分けて行う）し、工事終了後に再植栽。
• バリアフリー対策により、収容人員を4万7,000人に縮小。

工事時期は以下の通り。

• 2007年シーズンオフは内野スタンド内部の改装と銀傘の撤去（2008年シーズンは銀傘なし）を実施。
• 2008年シーズンオフはアルプス・外野スタンドの内部及び観客席の改装と新銀傘の設置を実施。
• 2009年シーズンオフは内野スタンドの観客席更新と外周整備を実施。

ドーム化見送りに関しては高校野球界から「青空の下でプレーできなくなり、高校野球に相応しくない」との反対論が続出していた可能性が高いとされる。また収容人数を減らすことにより今以上に阪神戦のチケットの競争率が高くなり、球場へ見に行けなくなるファンが今よりも増えてしまう可能性があるため、改修するのなら増席をするべきだという意見もあった。

なお、この改修により2007年～2009年のシーズンは阪神がホームとなるポストシーズン（クライマックスシリーズと日本シリーズ）のゲームを甲子園球場で行わないことが2005年11月の実行委員会で了承された。実際の代替開催先は以下の通り。

• 2007年は阪神がホームとなるポストシーズンゲームは開催されず。
• 2008年は工事開始日までに開催できなかったレギュラーシーズン1試合をスカイマークスタジアムで、クライマックスシリーズ第1ステージを京セラドーム大阪で開催。
• 2009年は後述の工期短縮により甲子園で開催予定に変更となった。

試合ではないが、毎年オフシーズンに行っていたイベントも場所を変えて開催された。

• 阪神の「ファン感謝デー」は「ファン感謝の集い」として2007年はインテックス大阪で、2008年はワールド記念ホールで開催。
• 甲子園ボウルは大阪市長居陸上競技場で開催（2007年、2008年）。