多くの場合、イージス艦も、他の現代水上戦闘艦と同様にヘリコプターを搭載する。アメリカのLAMPS構想に見られるように、これらはソナーと魚雷を搭載しての対潜哨戒のほか、軽輸送や救難など、多用途に用いられる。ただし、アーレイバーク級の初期建造艦（フライトI、II）、およびこれをもとにしたこんごう型護衛艦は、格納庫をもたず、ヘリコプター用飛行甲板と給油設備、データ・リンクのみを設置している。

アメリカ海軍の艦ではSH-60B LAMPSヘリコプターが搭載されており、これを含んだLAMPSシステムは、SQQ-89統合対潜戦闘システムを介してイージス・システムに接続されている。一方、日本のあたご型護衛艦ではSH-60JかSH-60K 1機を搭載可能であるが、これはLAMPSのように母艦と連携しての運用のほか、独立しての作戦行動も可能になっている。