全てのイージス艦は、それぞれの海軍で標準的な対潜戦闘システムを搭載している。

対潜水艦戦闘でのセンサーとしては、通常は最近の従来艦と同じくバウ・ソナーと曳航ソナーを装備するが、沿岸海域での戦闘を重視したアーレイ・バーク級フライトIIAでは、ヘリコプター運用設備との兼ね合いから、曳航ソナーが省かれる。

また、攻撃手段としては、舷側のMk 32 短魚雷発射管から発射される短魚雷、Mk 41 VLSより発射されるVLA対潜ロケット、さらに場合によってはヘリコプターが使用される。ここで用いられる短魚雷としてはMk 46が長く用いられてきたが、現在は、より高速で強力なMk 50や97式短魚雷なども就役している。

これらセンサーと攻撃手段を統合した対潜戦闘システムとして、米艦とあたご型護衛艦はSQQ-89統合対潜戦闘システムを搭載している。これは、スプルーアンス級駆逐艦やオリバー・ハザード・ペリー級ミサイルフリゲートにおいて導入されたもので、対潜戦闘を大幅に自動化するものであり、いわば対潜版のイージスシステムということができる。

しかしSQQ-89は機密レベルが高く、海外輸出が制限されるため、こんごう型護衛艦やアルバロ・デ・バサン級フリゲートなどでは、国産あるいは輸入した別の対潜戦闘システムを使用しており、従ってソナーの機種や構成も異なっている。