アーレイ・バーク級35番艦以降を除いて、全てのイージス艦は、従来艦と同様に近接防空システム（CIWS）を搭載する。その機種は通常ファランクスだが、スペインのアルバロ・デ・バサン級フリゲートは国産のメロカを、韓国の世宗大王級駆逐艦はオランダ製のゴールキーパーおよびRAM近接防御ミサイルを組み合わせて搭載する。

また、CIWSを搭載していないアーレイバーク級35番艦以降では、ESSMをもってその代用とするとされている。