現用のイージス艦が搭載するMk 41垂直発射装置は汎用性が高く、スタンダード艦対空ミサイル以外にも多くの種類のミサイルを搭載することができる。ESSM（発展型シースパロー）、VLA（垂直発射型アスロック）、トマホーク巡航ミサイルなどが、その例である。

Mk 41では、どのミサイルをどれだけ搭載できるかが任意に決められるので、イージス艦の兵装構成は非常に多様である。例えば、防空艦としての活動が多いタイコンデロガ級ミサイル巡洋艦においては、ミサイル搭載数の大部分をスタンダード対空ミサイルが占めているのに対し、汎用艦としての活動が多いアーレイ・バーク級ミサイル駆逐艦では、トマホーク巡航ミサイルの搭載数が増えていると言われているし、対潜戦闘を重視する日本の艦ではVLAがある程度の比率で搭載されており、ノルウェーのフリチョフ・ナンセン級フリゲートはスタンダード対空ミサイルを搭載しない。

また、アーレイ・バーク級35番艦以降を除いて、Mk 41のほかに対艦ミサイルの4連装発射筒を搭載している。対艦ミサイルの機種は、である。