南北の距離が600kmに及ぶことから伊佐市などの積雪地域もあれば、奄美諸島のような亜熱帯地域も存在する。鹿児島県本土は冬は温暖で、夏は日照時間も多いが降水量は多い。南国のイメージが強いが、薩摩半島は東シナ海に面すため、冬は季節風の風向次第では多量の雪雲が供給されるため鹿児島市の中心部でも積雪に見舞われることがあり、1986年1月6日には鹿児島市内でも23cmの積雪を観測した事もある。また、屋久島山岳部では毎年のように積雪があり、種子島屋久島地方の平野部でもごく稀に降雪するため、積雪観測地では日本最南端である。また、1901年2月12日には奄美市名瀬で降雪が観測されている。なお、2005年3月に奄美大島の山地での積雪が写真家によって確認されたが、気象台では観測されなかったため、公式記録にはならなかった。

夏から秋にかけては台風の影響を受ける。特に奄美諸島・トカラ列島・大隅諸島には多くの台風が接近しており、日本有数の台風銀座と言っても過言ではない。1951年以降の台風上陸数が日本一であり、その中には日本列島に大被害をもたらした枕崎台風、ルース台風、洞爺丸台風、台風13号（1993年）、台風16号（2004年）などがある。