1878年（明治11年）、郡区町村編制法が制定され、宮城（皇居）周辺の都心部に、麹町区、神田区、日本橋区など15区が定められた。1889年（明治22年）には、この15区に市制が施行され、東京市となる。明治時代には、およそ明治通りの内側が東京市とされ、外側は南豊島郡渋谷村などの町村であった<ref>麻布区広尾のみ明治通りの内側でありながら、後に渋谷村となった。</ref>。このときの東京市は、現在の千代田区、中央区、港区、文京区、台東区の全域、および新宿区・墨田区・江東区の各一部を範囲としていた。

1932年（昭和7年）、周辺82町村が編入され、面積・人口が一気に拡大した。このとき、既存の15区に加えて、新たに20区が定められ、35区となった。現在の東京都区部の区域は、このときの35区とほぼ重なる。1943年（昭和18年）には東京都制が施行されて東京府および東京市は廃止され、35区は東京都の行政区となった。

1947年（昭和22年）に地方自治法が公布されて35区は再編され、23の特別区となった。制度創設から長らく、特別区は東京都の内部的団体と位置付けられ、日本国憲法93条2項の「地方公共団体」にあたらないと解されてきた<ref>最高裁大法廷判決昭和38年3月27日刑集17巻2号121頁参照。</ref>。しかし、2000年（平成12年）の地方分権改革により、特別区は「基礎的な地方公共団体」と規定され、名実ともに独立した地方公共団体となった。