組織は、官衙（役所）、部隊組織である軍隊、将兵を養成し再教育する学校と、これらのいずれにも属さない特務機関とに区分されていた。

• 官衙
  • 陸軍省（陸軍大臣）
  • 参謀本部（参謀総長）
  • 教育総監部（教育総監）

天皇を除くと、陸軍大臣・参謀総長・教育総監は大日本帝国陸軍の最高位にあり、総称して陸軍三長官という。

• 航空総監部・東京警備司令部・防衛司令部・要塞司令部・連隊区司令部・陸軍造兵廠等

• 軍隊
  • 部隊組織は、総軍、方面軍、軍、師団及びそれを構成する歩兵旅団、歩兵連隊並びに砲兵部隊、騎兵部隊、工兵部隊等の特科部隊からなる。通常は師団及びそれを構成する部隊のみが有り、総軍・方面軍・軍は軍令により置かれる。
• 学校
  • 陸軍大学校・陸軍士官学校・陸軍予備士官学校・陸軍憲兵学校・陸軍歩兵学校・陸軍中野学校・千葉陸軍戦車学校等
• 特務機関
  • 元帥府・軍事参議院・侍従武官府・東宮武官・皇族王公族附武官・陸軍将校生徒試験委員
  • （特務機関に準ずるもの） - 委託学生・外国留学生・大公使館附武官（駐在武官）