主に2001年（平成13年）12月の特殊法人等整理合理化計画に基づき独立行政法人に改組されたもの。

旧公団

• 緑資源公団 - 2003年（平成15年）10月1日に独立行政法人緑資源機構（現：独立行政法人森林総合研究所森林農地整備センター）に改組。
• 水資源開発公団 - 2003年（平成15年）10月1日に独立行政法人水資源機構に改組。
• 日本鉄道建設公団 - 2003年（平成15年）10月1日に運輸施設整備事業団と統合し、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構に改組。
• 石油公団 - 2004年（平成16年）2月29日に金属鉱業事業団と統合し、独立行政法人石油天然ガス・金属鉱物資源機構に改組。
• 地域振興整備公団及び都市基盤整備公団 - 2004年（平成16年）7月1日に統合し、独立行政法人都市再生機構（UR都市機構）に改組。前身組織の改編は下記の通り。
  • 日本住宅公団 + 宅地開発公団 → 住宅・都市整備公団 → 都市基盤整備公団
  • 産炭地域振興事業団 → 工業再配置・産炭地域振興公団 → 地域振興整備公団

旧事業団

• 国際協力事業団 - 2003年（平成15年）10月1日に独立行政法人国際協力機構（JICA=ジャイカ）に改組。
• 宇宙開発事業団 - 2003年（平成15年）10月1日に航空宇宙技術研究所及び宇宙科学研究所と統合し、独立行政法人宇宙航空研究開発機構に改組。
• 社会福祉・医療事業団 - 2003年（平成15年）10月1日に独立行政法人福祉医療機構に改組。
• 科学技術振興事業団 - 2003年（平成15年）10月1日に独立行政法人科学技術振興機構に改組。
• 運輸施設整備事業団 - 2003年（平成15年）10月1日に日本鉄道建設公団と統合し、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構に改組。
• 金属鉱業事業団 - 2004年（平成16年）2月29日に石油公団と統合し、独立行政法人石油天然ガス・金属鉱物資源機構に改組。
• 労働福祉事業団 - 2004年（平成16年）4月1日に独立行政法人労働者健康福祉機構に改組。
• 環境事業団 - 2004年（平成16年）4月1日に公害健康被害補償予防協会と統合し、独立行政法人環境再生保全機構に改組。
• 中小企業総合事業団 - 2004年（平成16年）7月1日に独立行政法人中小企業基盤整備機構に改組。また一部業務を中小企業金融公庫及び独立行政法人都市再生機構に移管。
• 農畜産業振興事業団 - 2004年（平成16年）10月1日に野菜供給安定基金と統合し、独立行政法人農畜産業振興機構に改組。

旧公庫

• 住宅金融公庫 - 2007年（平成19年）4月1日に独立行政法人住宅金融支援機構に改組。

旧特殊銀行

• 国際協力銀行 - 2008年（平成20年）10月1日に解散し、国際金融部門は特殊会社たる特殊法人の日本政策金融公庫に、海外経済協力部門は独立行政法人国際協力機構にそれぞれ統合。

旧その他の特殊法人

• 日本貿易振興会 - 2003年（平成15年）10月1日に独立行政法人日本貿易振興機構に改組。
• 日本労働研究機構 - 2003年（平成15年）10月1日に厚生労働省労働研修所と統合し、 独立行政法人労働政策研究・研修機構に改組。
• 理化学研究所 - 2003年（平成15年）10月1日に同名の独立行政法人に改組。
• 国際観光振興会- 2003年（平成15年）10月1日に独立行政法人国際観光振興機構に改組。
• 日本芸術文化振興会 - 2003年（平成15年）10月1日に同名の独立行政法人に改組。
• 日本学術振興会 - 2003年（平成15年）10月1日に同名の独立行政法人に改組。
• 北方領土問題対策協会 - 2003年（平成15年）10月1日に同名の独立行政法人に改組。
• 国民生活センター - 2003年（平成15年）10月1日に同名の独立行政法人に改組。
• 農業者年金基金 - 2003年（平成15年）10月1日に同名の独立行政法人に改組。
• 心身障害者福祉協会 - 2003年（平成15年）10月1日に独立行政法人国立重度知的障害者総合施設のぞみの園に改組。
• 国際交流基金 - 2003年（平成15年）10月1日に同名の独立行政法人に改組。
• 新エネルギー・産業技術総合開発機構 - 2003年（平成15年）10月1日に同名の独立行政法人に改組。
• 勤労者退職金共済機構 - 2003年（平成15年）10月1日に同名の独立行政法人に改組。
• 日本体育・学校健康センター - 2003年（平成15年）10月1日に独立行政法人日本スポーツ振興センターに改組。
• 雇用・能力開発機構 - 2004年（平成15年）3月1日に同名の独立行政法人に改組。
• 日本育英会 - 2004年（平成16年）4月1日に財団法人日本国際教育協会、内外学生センター、国際学友会及び関西国際学友会と統合し、独立行政法人日本学生支援機構に改組。
• 公害健康被害補償予防協会 - 2004年（平成16年）4月1日に環境事業団と統合し、独立行政法人環境再生保全機構に改組。
• 奄美群島振興開発基金 - 2004年（平成16年）10月1日に同名の独立行政法人に改組。
• 日本原子力研究所及び核燃料サイクル開発機構 - 2005年（平成17年）10月1日に両法人を統合し、独立行政法人日本原子力研究開発機構に改組。
• 年金資金運用基金 - 2006年（平成18年）4月1日に年金積立金管理運用独立行政法人に改組。