イーネットATMが設置されている地域のうち、地元に本拠を置く地方銀行が現時点では未提携であり、その地方銀行に代わって、都市銀行各行や他の都道府県の地方銀行などによって設置されている地域がある。当然ながら、これらの地域では地元に本拠を置く地方銀行・第二地方銀行のキャッシュカードによる出金については、イーネット提携外金融機関（MICS）扱いとなる（一部例外あり）。

2009年6月30日現在、このような事例に該当する地域は以下の通り。

• 福島県（164台）…機種により東邦銀行・常陽銀行<ref>このうち、常陽銀行管理分では郡山市内・いわき市内の一部店舗のみ。</ref>のいずれかが管理。
• 新潟県（21台）…機種によりみずほ銀行・三菱東京UFJ銀行・三井住友銀行のいずれかが管理。
• 石川県（115台）…機種により北陸銀行・北國銀行のいずれかが管理。
• 福井県（93台）…機種により北陸銀行・福井銀行のいずれかが管理。
• 滋賀県（113台）・和歌山県（63台）…機種によりみずほ銀行・三菱東京UFJ銀行・三井住友銀行のいずれかが管理。
• 山口県（32台<ref>県内瀬戸内側のほぼ全域に設置されているが、設置されていない店舗の方が多い。なお、福岡県に近い下関市・山口市等に所在するイーネットも福岡銀行ではなく広島銀行管理となっている。</ref>）…全機種が広島銀行管理。
• 佐賀県（51台）・大分県（65台）…全機種が福岡銀行管理。
• のいずれかが管理。

以下の各都道府県の一部の店舗で、各地元の地方銀行・第二地方銀行がイーネットと提携する以前に、隣県の提携済みの都市銀行・地方銀行・第二地方銀行によって設置されている。

• 東京都（1,687台）…2店舗<ref>ファミリーマート新宿靖国通り店（新宿区）・ファミリーマート池袋グリーン大通り店（豊島区）のみ（いずれも常陽銀行の支店が入居するビルにあるため）。</ref>のみ常陽銀行管理。
• 神奈川県（844台）…一部をスルガ銀行が管理（他に都銀管理のATMも存在）。
• 愛知県（682台）…一部を十六銀行が管理。
• 京都府（182台）…1店舗<ref>ファミリーマート田辺草内店（京田辺市）のみ。</ref>のみ南都銀行管理。

また、かつて同様の取り扱いをしていた事例として以下の地域がある。

• 管理に転換）。
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