アメリカ海軍はベトナム戦争に当初、電子戦機としてEA-1を投入していたが、老朽化・低性能化が著しかった。北ベトナムへの爆撃が本格化すると、自軍航空機の損害抑止のため、北ベトナム防空網の制圧が必要となり、より高性能の艦載電子妨害機を求めることとなった。新しい電子妨害機として、A-3 スカイウォーリア攻撃機の改装型EKA-3電子妨害機の部隊配備（1967年配備開始）を進めるとともに、当時最新鋭のA-6攻撃機を改装し、電子妨害機とすることとした。通常、EA-6はこれによって開発されたB型を指す。

アメリカ海軍のA-6改装電子戦機の計画は、1964年より開始された。1965年には開発契約が結ばれ、EA-6Bと命名された。EA-6BはA-6攻撃機を大幅に改装した電子妨害専任機であり、海兵隊のEA-6Aとは全く異なっている。A-6Aの胴体を1.37m延長し、4座機に変更されている。操縦士1名と電子戦要員3名が搭乗する。さらに垂直尾翼上端に受信用の大型のアンテナ用フェアリングが設けられた。電子妨害発信用のアンテナ関連機器はポッドに収められ、機体下の5個のハードポイントに搭載する。ポッドへの電力供給は、ポッドに付けられた風車による発電によっている。対象の脅威に応じて必要な周波数帯向けの妨害ポッドを選択・搭載するようになっている。このほか、キャノピーについては、電磁波の影響をさけるために非常に薄く金が張られている。

1968年5月25日にA-6A改装の空力試験機が初飛行を行った。電子戦機材開発用の機体もA-6Aから改装されて試験を行っている。1969年より量産が開始され、1971年より部隊配備が行われた。直ちにベトナム戦争に投入されている。

その後もエルドラドキャニオン作戦や湾岸戦争などに投入された。1991年まで生産が行われ、生産機数は183機。

アメリカ空軍の電子妨害機EF-111Aが国防総省の方針により電子戦機の効率的な運用のため、1996年に退役し、アメリカ軍の電子妨害専任機はEA-6Bに一本化された。そのため、アメリカ空軍の要員がEA-6Bの運用にも関わることとなり、運用部隊も一部再編成されている。

残存125機の運用部隊は、海軍12個飛行隊、海兵隊4個飛行隊、4個海空統合飛行隊である。海軍運用部隊は後継機としてEA-18Gグロウラーの開発を進めている。