檀君はあくまでも神話上の存在であり、実在しなかったとされている。檀君王倹という名についても、平壌の古名として「王険」「王険城」が『史記』朝鮮列伝に出てくるのが初出で、元々は地名であったことがわかる。12世紀に成立した高麗の正史『三国史記』高句麗本紀第五東川王の条には平壌にかつて住んでいた仙人の名前として王倹という人名が出てくるが、檀君という王がいたことは全く書かれていない。これらの傍証からも、檀君神話は朝鮮の古来からの独立を示すための伝説的神話だろうと推測されており、国家としての檀君朝鮮の実在性も低いとされている。

しかし現在でも、朝鮮人の中には檀君を実在の人物と主張する者がいる。大韓民国の国定教科書では韓国の歴史が非常に長いことを示す「史実」として扱われている。また朝鮮民主主義人民共和国（北朝鮮）では、1993年の発掘調査で檀君のものらしき骨が発見され、「電子スピン共鳴法」による解析で5011年前のものと分かったため、檀君は実在人物であったと主張されている。しかし、神話に基づく檀君朝鮮の建国年との間に700年近い差があり、また解析方法についても詳細が公表されていないことから、信憑性は低いと見られる。